Am Tag der Hochzeit von Snow White und Prinz David „Charming“ platzt die böse Königin in die Zeremonie und kündigt an, einen Fluch über sie auszusprechen. Einige Zeit später ist die nun schwangere Schneewittchen über den Fluch besorgt und besucht deswegen Rumpelstilzchen im Kerker. Dieser prophezeit, dass der Fluch der Königin (den er für sie erschaffen hat) sie alle an einen schrecklichen Ort mitnehmen werde, wo es keine Happy Ends und keine Magie mehr geben würde. Er offenbart aber auch, dass ihr noch ungeborenes Kind, Emma, am Tage ihres 28. Geburtstags zurückkehren und sie alle retten werde. Auf den Vorschlag der blauen Fee bauen Geppetto und Pinocchio aus magischem Holz einen Schrank, der eine Person vor dem Fluch der bösen Königin bewahren kann. Prinz Charming beabsichtigt, den Schrank für Schneewittchen und ihr ungeborenes Kind zu verwenden, doch Emma wird bereits vor Fertigstellung des Schranks geboren. An genau diesem Tag beginnt der Fluch der Königin zu wirken, so dass der Prinz seine Tochter in den Schrank legt und in Sicherheit bringt. Daraufhin wird er von den Schergen der bösen Königin schwer verwundet.

Im heutigen Boston lebt Emma Swan ein einsames Leben und arbeitet als Kautionsagentin und als Kopfgeldjägerin. An ihrem 28. Geburtstag bekommt sie Besuch von einem zehnjährigen Jungen namens Henry. Dieser stellt sich als ihr leiblicher Sohn vor, den Emma als Baby zur Adoption freigegeben hatte. Nicht gewillt, eine Beziehung zu ihm aufzubauen, fährt sie ihn zurück zu seinem Haus in Storybrooke, Maine. Unterwegs zeigt Henry ihr ein großes Buch über Märchen, wobei er darauf beharrt, dass alle Geschichten darin wahr seien. In Storybrooke angekommen, informiert Henry sie darüber, dass alle Bewohner der Stadt in Wirklichkeit Märchenfiguren sind, verbannt durch den Fluch und mit keiner Erinnerung an ihre Leben im Märchenwald. Daneben behauptet er, die Zeit sei eingefroren und die Bewohner könnten die Stadt nicht verlassen, doch der Fluch werde brechen, da Emma Schneewittchens und Prinz Davids Tochter sei.

Die skeptische Emma bringt Henry zu seiner Adoptivmutter Regina Mills, der Bürgermeisterin der Stadt, welche in Wirklichkeit die böse Königin ist. Emma findet Henry, der erneut von Zuhause weggelaufen ist, und beschließt, zumindest eine Woche lang in Storybrooke zu bleiben. Daraufhin beginnen sich die Zeiger der Kirchturmuhr erstmals zu bewegen.

Im weiteren Verlauf werden immer mehr Informationen über die Vorgeschichte der einzelnen Figuren bekannt. Besonders wichtig ist dabei Rumpelstilzchen alias Mr. Gold. Dieser hatte in der Märchenwelt seine Geliebte Belle verloren, die er irrtümlich für tot hielt. Außerdem vermisst er seinen Sohn Baelfire, der durch ein magisches Portal in eine andere Welt entschwunden ist. Rumpelstilzchen hatte den Fluch, den er der bösen Königin gab, zuvor mit einem Elixier der wahren Liebe behandelt, weshalb auch er sich in Storybrooke an alles erinnern kann, allerdings erst nachdem Emma eingetroffen ist. Als Henry am Ende der Staffel tot im Krankenhaus liegt, bricht Emma, die nun von seinen Theorien überzeugt ist, den Fluch durch einen Kuss auf seine Stirn. Die letzte Folge der Staffel endet damit, dass Rumpelstilzchen, wieder mit Belle vereint, die Magie nach Storybrooke bringt, um seine Zauberkräfte zurückzuerlangen. Dies war, wie sich nun zeigt, von Anfang an sein Plan: denn Storybrooke liegt in jener Welt, in die sein Sohn verschwunden ist.

Obwohl der Fluch gebrochen wurde, verbleiben die Bewohner Storybrooks an diesem Ort und kehren nicht in den Märchenwald zurück. Es stellt sich heraus, dass ein Teil der Märchenwelt von dem Fluch verschont blieb, jedoch 28 Jahre in einer Art Starre verbrachte und nun erneut durch die Oger massiv bedroht wird. Der Grund dafür war ein Schutzzauber von Reginas Mutter Cora. Rumpelstilzchen will Regina, aus Rache für Belle, welche die böse Königin erst im Märchenwald und dann 28 Jahre lang in Storybrooke in der psychiatrischen Anstalt gefangen gehalten hatte, töten und beschwört aus diesem Grund einen Seelensauger. Als dieser Regina angreift, kann er durch das Portal des Hutmachers zurück in den Märchenwald geschickt werden. Durch einen unglücklichen Zufall gelangen dabei auch Emma und Mary Margaret durch das Portal des Hutmachers in den Märchenwald, von wo sie einen Weg zurück suchen. Dabei treffen sie auf Mulan, Prinzessin Aurora und Prinz Phillip, die ihnen helfen, den Weg zurückzufinden. Zugleich bemühen sich auch Cora und Captain Hook darum, aus der Märchenwelt nach Storybrooke zu gelangen. Hook war einst der Geliebte von Rumpelstilzchens Frau Milah, die dieser aber tötete, nachdem sie ihn verlassen hatte. Zudem schlug er Hooks Hand ab, seither sehnt sich Hook nach Rache. Allen vieren gelingt es schließlich, die Märchenwelt zu verlassen, wenn auch auf unterschiedlichen Wegen. Emma und Regina bemühen sich um Henrys willen um Versöhnung, zunächst erfolgreich.

In einer Rückblende wird zudem aufgeklärt, wer Henrys Vater ist. Es handelt sich um Neal Cassidy, einen Kleinkriminellen, der Emma aber verließ, nachdem August ihn über die Märchenwelt und Emmas Verbindung zu ihr aufgeklärt hatte. Von Neal im Stich gelassen, musste Emma ins Gefängnis, wo sie ihr Kind zur Welt brachte und zur Adoption freigab.

Des Weiteren wird festgestellt, dass die Bewohner von Storybrooke die Stadt immer noch nicht schadlos verlassen können, obwohl der Fluch gebrochen scheint. Jeder, der die Stadtgrenze passiert, verliert erneut sein Gedächtnis an die Vergangenheit als Märchenfigur. Um Rumpelstilzchen denselben Schmerz fühlen zu lassen, den er nach Milahs Tod empfand, schießt Hook Belle an der Stadtgrenze an, wodurch sie auf die andere Seite fällt und ihr Gedächtnis verliert. Bei dieser Gelegenheit gelangt ein geheimnisvoller Fremder namens Greg in die Stadt, der erkennt, dass es dort Magie gibt. Später stellt sich heraus, dass er 28 Jahre zuvor als Kind bereits einmal mit seinem Vater in Storybrooke gewesen war und seither auf der Suche nach seinem Vater ist, den Regina damals dort festhalten ließ. Nachdem Greg Regina gekidnappt und durch Stromstöße gefoltert hat, teilt diese ihm mit, sie habe seinen Vater bereits vor Jahren getötet. Mr. Gold findet einen Weg, die Stadtgrenze ohne Identitätsverlust zu überschreiten, und macht sich gemeinsam mit Emma und Henry in New York auf die Suche nach seinem Sohn Baelfire. Dank Henry ist die Suche erfolgreich. Es stellt sich heraus, dass Baelfire Neal Cassidy ist, was unter anderem bedeutet, dass Henry Mr. Golds Enkel ist. Dies stürzt Gold in einen Gewissenskonflikt, da ihm einst prophezeit worden war, dass der Junge, der ihn zu seinem Sohn führen werde, auch seinen Untergang bewirken werde. Baelfire gelangte damals durch das Portal der magischen Bohne ins London des 19. Jahrhunderts. Dort wurde er zunächst von der Darling-Familie aufgenommen, für die er sich später opferte und Peter Pan freiwillig nach Neverland folgte. Er kann sich aber zunächst befreien und wird von Hook gerettet, der ihn bald als Rumpelstilzchens Sohn erkennt. Hook verrät Baelfire an die Verlorenen Jungen, die auf der Suche nach einem besonderen Kind sind. Da Baelfire aber nicht der Gesuchte ist, lassen sie ihn frei.

Cora verbündet sich mit ihrer Tochter und verspricht ihr, dass sie Henry zurückbekommen wird. Ihr gelingt es derweil, Regina und die Einwohner von Storybrooke wieder gegeneinander aufzubringen. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Rumpelstilzchens Dolch, von dem sich Cora verspricht, die Macht des Dunklen zu übernehmen. Es stellt sich heraus, dass Cora für den Tod von Snow Whites Mutter Eva verantwortlich war, die sie vergiftete, damit Regina den König heiraten konnte. Mary Margaret findet dies heraus und schwört Rache an Cora. Unterdessen wird Mr. Gold von Hook in New York schwer verletzt, indem dieser Gold mit einem vergifteten Haken angreift. Zurück in Storybrooke verzaubert Mary Margaret auf Anraten von Gold Coras Herz und bringt Regina dazu, dieses Cora wiederzugeben, womit Gold gerettet wird und Cora im Gegenzug stirbt. Regina schwört daraufhin erneut Rache an Mary Margaret. Henry zuliebe verzichtet sie zwar darauf, seine Liebe durch einen Zauber zu gewinnen, doch reißt sie dennoch Mary Margarets Herz heraus. Als sie allerdings feststellt, dass dieses seit Coras Tod vom Bösen zerfressen wird, gibt sie es ihr zurück, da sie erwartet, dass Mary Margaret ihre Familie nun ohnehin selbst zerstören wird.

Neal Cassidys scheinbar ahnungslose Verlobte Tamara entpuppt sich unterdessen als eine Person, die Magie hasst. Vor Jahren tötete sie einen chinesischen Wunderheiler, der in der Lage gewesen wäre, August davor zu bewahren, wieder zu Holz zu werden. In Storybrooke angelangt, versucht sie August zu ermorden, damit dieser die übrigen Bewohner nicht vor ihr warnen kann. August kann zwar gerettet werden, wird dafür aber wieder in den kleinen Pinocchio verwandelt und kann sich an nichts mehr erinnern. Tamara, die Neals wahre Identität längst kannte, hat zudem ein Verhältnis mit Greg. Beide arbeiten für eine zunächst unbekannte Organisation, die jede Magie in dieser Welt vernichten will, und stehlen die magischen Bohnen, mit deren Hilfe man in andere Welten gelangen kann. Bei einem Kampf mit Tamara wird Neal verletzt durch ein Portal gerissen. Er gelangt in den Märchenwald und wird von Mulan, Aurora und Phillip gerettet. Mit Hooks Hilfe wollen Tamara und Greg anschließend Storybrooke und all seine Einwohner vernichten, doch Hook warnt die anderen, als der entsprechende Auslöser aktiviert worden ist. Regina und Emma können die Zerstörung von Storybrooke gemeinsam verhindern. Durch einen Zaubertrank der blauen Fee erlangt Belle ihre Erinnerung zurück. Da Belle in Storybrooke zurückbleibt, bekommt sie von Gold die Aufgabe, einen Schutzzauber zu sprechen, um die Stadt wieder unsichtbar zu machen. Am Ende der Staffel machen sich Regina, Gold, Emma, David, Hook und Mary Margaret mit Hilfe der Zauberbohne auf den Weg nach Neverland, um Greg und Tamara zu jagen, die Henry dorthin entführt haben. Zuletzt wird aufgedeckt, dass Peter Pan bereits seit sehr langer Zeit auf der Suche nach Henry ist.

Neal wird von Mulan, Prinz Phillip und Aurora gesund gepflegt. Er macht sich auf die Suche nach dem Schloss seines Vaters, wo er auf Robin Hood trifft und feststellt, dass Emma in Neverland ist. Mithilfe von Hoods vierjährigem Sohn Roland gelangt Neal schließlich ebenfalls nach Neverland. Mulan, die in Aurora verliebt ist, schließt sich der Gruppe von Robin Hood an, nachdem sie erfahren hat, dass Aurora und Phillip ein Kind bekommen.

In Neverland angekommen machen sich Greg und Tamara auf die Suche nach ihrem Auftraggeber, der, wie sich herausstellt, Peter Pan und die verlorenen Jungen sind, deren Plan es war, Henry nach Neverland zu schaffen. Bei einem Kampf reißt ein Schatten Gregs Schatten von seinem Körper, was zu Gregs Tod führt. Tamara wird von einem vergifteten Pfeil getroffen. Sie wird von Gold, der sich inzwischen von der Gruppe um Emma getrennt hat, gefunden und geheilt, aber anschließend dennoch getötet. Henry kann dem Kampf entkommen, wird aber von Peter Pan gefangen genommen, da dieser Henrys Herz benötigt. Mithilfe eines Tricks gelingt es Peter Pan schließlich, dass Henry ihm sein Herz gibt, wodurch er unsterblich wird. Zudem stellt sich heraus, dass Peter Pan Rumpelstilzchens Vater ist, der diesen verstieß, damit er ewig jung sein und in Neverland bleiben konnte. Emma, Charming, Snow White, Regina und Hook landen ebenfalls in Neverland. Dort machen sie sich auf die Suche nach Pans Versteck. Da sie es nicht finden können, suchen sie Tinker Bell auf. Da Tinker Bell von der blauen Fee verstoßen wurde, weil sie Regina helfen wollte aber dieser Plan fehlschlug, weigert sie sich zunächst, ihnen zu helfen. Bei einem Kampf mit den verlorenen Jungen wird Charming von einem vergifteten Pfeil getroffen und verwundet. Hook kann Charming von der Vergiftung heilen, jedoch hat dies zur Folge, dass Charming Neverland nicht mehr verlassen kann. Nachdem sich Regina von der Gruppe trennte, um mit Rumpelstilzchen einen Weg zu finden, Pan zu vernichten, findet die restliche Gruppe den von Pan gefangen genommenen Neal und kann ihn befreien. Währenddessen schickt Rumpelstilzchen die Meerjungfrau Ariel nach Storybrooke, um für ihn die Büchse der Pandora zu holen, mit deren Hilfe man Peter Pan gefangen nehmen kann. Allerdings schlägt dieser Plan fehl und Rumpelstilzchen selber wird von Peter Pan in die Büchse verbannt. Peter Pan überzeugt Henry ihm sein Herz zu schenken und behauptet so die Magie von Neverland zu retten. In Wirklichkeit rettet Peter Pan seine Jugend im Tausch gegen Henrys Leben. Henry wird von Regina konserviert. Ihr gelingt es Henrys Herz wiederzuerlangen und den Schatten aus Neverland im Segel der Jolly Roger festzuhalten, sodass alle zurück nach Storybrooke zurückkehren können. Auf dem Schiff wird Rumpelstilzchen aus der Büchse befreit. Im Rückblick erfährt man, dass Peter Pan Rumpelstilzchens Vater ist. Unterwegs versucht Pan erneut Henrys Herz zu stehlen, dass mittlerweile mit einem Schutzzauber belegt ist. Rumpelstilzchen verbannt Pan in die Büchse, doch dieser tauscht die Körper und steckt somit in Henrys Körper. In Storybrooke angekommen verfolgt Peter Pan seine dunklen Machenschaften weiter und möchte mit Hilfe Reginas Fluchs die Stadt neu verfluchen und sich so ein neues Neverland schaffen. Rumpelstilzchen gelingt es mit seinem Dolch Peter Pan zu töten, stirbt dabei jedoch selbst und verliert somit seine Fähigkeit Magie anzuwenden.Da Pans Fluch nicht mehr aufzuhalten ist, macht Regina den ersten Fluch rückgängig und schickt somit alle in den Zauberwald zurück. Emma und Henry sind die einzigen, die vom Fluch verschont werden können, verlieren allerdings jede Erinnerung an Storybrooke.

Unbeschwert leben Emma und Henry zusammen in New York, als wäre nie etwas geschehen, bis ein Jahr darauf Hook Emma aufsucht, um sie zu informieren, dass ihre Eltern sie brauchen. Er gibt ihr ein von Neal geschicktes Erinnerungselexir. Allerdings reicht dieser Trank nur für Emma, nicht aber für Henry. Zu dritt machen sie sich auf den Weg nach Storybrooke, das wieder mitsamt den Bewohnern existiert. Es kann sich allerdings niemand mehr an das vergangene Jahr erinnern. Der einzige Anhaltspunkt ist die plötzliche Schwangerschaft Snow Whites. Schon bald stellt sich heraus, dass die Bewohner des Zauberwaldes vor Zelena, der Bösen Hexe des Westens aus Oz, wieder nach Storybrooke geflüchtet sind. Diese ist die Schwester Reginas und will einen Zauber wirken, mit dem sie die Vergangenheit ändern kann. Zelena wurde von ihrer Mutter Cora ausgesetzt, da diese durch eine Intrige von Snows Mutter Eva König Leopold nicht heiraten konnte. Um bei Cora aufwachsen zu können sieht Zelenas Plan vor, Eva zu töten. Nachdem sie ausgesetzt wurde, gelangt Zelena durch einen Sturm nach Oz, wo sie von einem armen Ehepaar aufgezogen wird, die allerdings mit ihren magischen Fähigkeiten nicht umgehen können. Später erfährt sie vom Zauberer von Oz, wer ihre wirkliche Familie ist. Sie bekommt zudem von ihm silberne Schuhe, mit denen sie sich an jeden Ort wünschen kann, den sie will. Wegen ihres großen Neides auf das vermeintlich gute Leben Reginas, das ihrer Meinung nach ihr zugestanden hätte, färbt sich ihre Haut langsam grün. Mithilfe der Schuhe gelangt sie in den Zauberwald und erreicht, dass sie Rumpelstilzchens Schülerin wird. Er hält sie für sehr talentiert und erwägt kurzzeitig, dass sie anstelle von Regina den Fluch ausführen solle. Als er jedoch merkt, dass er das ist, was Zelena am meisten liebt, verstößt er sie. Die Schwesternschaft der Hexen von Oz, unter ihnen Glinda, die gute Hexe des Südens, nimmt Zelena auf, jedoch kann sie ihren Neid und ihre Missgunst nicht besiegen und wird schließlich von Dorothy Gale vermeintlich besiegt, in dem diese einen Eimer Wasser über sie ausgießt. Wenig später verstößt Zelena Glinda in den Zauberwald. Nachdem sie Glinda im Zauberwald aufgesucht haben, erfahren Snow und Charming, wie sie Zelena besiegen können. Dafür brauchen sie allerdings helle Magie, die vermeintlich nur Emma besitzt, weshalb Snow Reginas Fluch erneut ausspricht. Da sie dafür Charmings Herz opfern muss, bittet sie Regina, ihres zu teilen und die eine Hälfte Charming zu geben, was ihn erfolgreich wiederbelebt. Kurz bevor der Fluch ausbricht, erscheint Zelena und fügt einen Vergessenszauber hinzu. Um den Zauber, der ein Zeitportal erschaffen soll, in Storybrooke vervollständigen zu können, benötigt Zelena vier Zutaten: Reginas Herz, Charmings Mut, den Verstand Rumpelstilzchens sowie die Unschuld eines neugeborenen Babys, welche sie nach und nach in ihren Besitz bringen kann. In Storybrooke weiß zunächst niemand, dass Rumpelstilzchen wieder lebt und von Zelena gefangen gehalten wird. Zunächst wird auch Neal vermisst. Es stellt sich heraus, dass er sich mit Gold einen Körper teilt, da er im Zauberwald mit Belle zu einer geheimen Gruft ging, um Rumpelstilzchen wiederzubeleben. Er wusste allerdings nicht, dass dafür ein anderes Leben geopfert werden muss. Belle und Neal werden an der Gruft des Dunklen von Lumiere an Zelena verraten, so dass sich der wiederauferstandene Rumpelstilzchen zwischen seinem Dolch und seinem Sohn entscheiden muss. Er wählt letztendlich Neal, gerät aber dadurch in die Gefangenschaft Zelenas. In Storybrooke opfert sich Neal für seinen Vater, was Gold sehr wütend macht. Der Fluch wird später von Regina gebrochen, als sie Henry einen Kuss auf die Stirn gibt. Es ist ebenfalls Regina, die Zelena am Ende mit heller Magie besiegt und sie entmachtet. Zelena wird daraufhin Nachts von Gold in ihrer Zelle getötet, was ihr Zeitportal wieder aktiviert. Emma und Hook geraten in dieses Portal und landen im Zauberwald zu der Zeit, als sich Snow und Charming kennenlernten. Durch ein Missgeschick Emmas wird das erste Aufeinandertreffen der beiden verhindert, jedoch gelingt es den beiden mit Rumpelstilzchens Hilfe, den normalen Ablauf wiederherzustellen. Mithilfe von Rumpelstilzchen reisen sie wieder in ihre Zeit zurück. Allerdings nehmen sie noch eine Frau mit, die Emma aus dem Gefängnis vor dem sicheren Tod gerettet hat, da sie von Regina hingerichtet werden sollte. Wie sich herausstellt, ist diese Frau Marian, die Ehefrau von Robin Hood, mit dem Regina zwischenzeitlich eine Beziehung aufgebaut hat. Weiterhin gelangt ohne das Wissen von Hook und Emma eine Urne mit nach Storybrooke, aus der sich später Elsa befreit. Kurz darauf küssen sich Emma und Hook und sie beschließt, nicht nach New York zurückzukehren.

Die aus der Urne befreite Elsa vernichtet diese und begibt sich nach Storybrooke. Nachdem das von ihr heraufbeschworene Eismonster mit Reginas Hilfe besiegt wurde, freunden sich Emma und Elsa an. Elsa offenbart, dass sie auf der Suche nach ihrer Schwester Anna ist. Diese machte sich vor einiger Zeit in Arendelle ohne Elsas Wissen auf den Weg in den Zauberwald, um dort Rumpelstilzchen zu suchen. Dieser hatte laut eines Tagebucheintrages ihrer Mutter die Macht, Elsas magische Kräfte zu bannen. Im Zauberwald angekommen freundet sich Anna mit Charming an. Wenig später trifft sie auf Rumpelstilzchen, der ihr Zugang zu dem Artefakt gewährt. Es ist ein magischer Hut eines mächtigen Zauberers, mit dessen Hilfe sich Rumpelstilzchen verspricht, die Macht des Dolches loszuwerden. Da Anna merkt, wie wichtig der Hut für Rumpelstilzchen ist, kann sie ihn schließlich dazu bewegen, sie wieder wohlbehalten nach Arendelle zu bringen, wobei sie Rumpelstilzchen austrickst und den Hut mitnimmt. In Storybrooke stellen die Bewohner fest, dass sich um die Stadt eine Eiswand gebildet hat, die jeden am Fortgehen hindert. Da Elsa nicht die Macht hat, sie verschwinden zu lassen, kommen die Bewohner bald auf die Spur von Ingrid, der Schneekönigin. Diese betreibt in Storybrooke eine Eisdiele. Mithilfe ihres Eises verflucht sie Marian, so dass diese zu Eis erstarrt. Regina kann ihren Tod verhindern, indem sie ihr das Herz entfernt. Obwohl Marian am Leben ist, möchte Robin Hood seine Beziehung zu Regina fortführen, womit diese aber nicht sehr glücklich ist. Da Regina der Meinung ist, sie würde kein Happy End bekommen, weil sie in Henrys Märchenbuch als eine Böse dargestellt wird, macht sie sich zusammen mit ihm auf die Suche nach dem Autor des Buches. Ingrid scheint Emma zu kennen, Emma hat jedoch keinerlei Erinnerungen an sie. Auch Elsa und Ingrid haben eine gemeinsame Vergangenheit, an die Elsa sich ebenfalls nicht mehr erinnert. Zu ihrer Zeit in Arendelle trafen Elsa und Anna auf Ingrid, die in der gleichen Urne wie Elsa gefangen war. Nachdem sie befreit wurde, erzählt Ingrid ihnen, dass sie ihre Tante ist. Es stellt sich heraus, dass Gerda, die Mutter von Elsa und Anna, zwei Schwestern hatte, von denen aber niemand in Arendelle etwas weiß. Die drei Geschwister wuchsen zusammen auf, Ingrid jedoch war die einzige, die magische Kräfte besaß. Weil sie sich vor ihren Kräften fürchtete, versteckte sie sich im Palast ihrer Eltern. Schließlich tötet sie Helga versehentlich, als sie diese vor einem aufdringlichen Verehrer retten will. Gerda sperrt Ingrid daraufhin in die Urne und bitte Grand Pebbie, alle Erinnerungen an ihre beiden Schwestern auszulöschen. Da Ingrid das Gefühl hat, von ihrer Familie nicht geliebt zu werden, will sie nun eine neue Familie mit zwei weiteren magischen Frauen gründen, in der sie niemand wegen ihrer Kräfte fürchten und sie lieben würde. Eine der beiden neuen Schwestern findet sie in ihrer Nichte Elsa, weshalb sie versucht, Anna und Elsa gegeneinander aufzubringen. Als ihr das nicht gelingt, verflucht sie Anna mit dem Fluch der zerbrochenen Sicht, welcher die Menschen nur das Böse in anderen sehen lässt. Beeinflusst durch den Fluch sperrt Anna Elsa in die Urne. Ingrid friert daraufhin ganz Arendelle ein und nimmt Elsa die Erinnerungen, aber verliert kurz darauf die Urne an Rumpelstilzchen. Sie begibt sich zum Lehrerling, welcher ihr verrät, dass ihre zweite neue Schwester bald geboren werden würde und Emma heißt. Auf ihren Wunsch schickt er sie durch ein Portal in die reale Welt, wo sie versucht, Emmas Vertrauen zu gewinnen. Es zeigt sich, dass Ingrid für eine kurze Zeit Emmas Pflegemutter war und sie eine sehr glückliche Zeit miteinander verbrachten. Allerdings verschreckt Ingrid Emma, so dass Emma mit ihr nichts mehr zu tun haben will, woraufhin Ingrid Emma die Erinnerungen an sie nimmt. Nachdem Anna den Hut des Zauberers an sich genommen hat, verliert sie ihn in Arendelle an Ingrid, welche ihn später in die reale Welt bringt. Der Hut des Zauberers taucht in einem Haus in Storybrooke auf, wo Gold und Belle ihre Flitterwochen verbringen. Gold nimmt den Hut an sich und setzt fortan alles daran, den Hut komplett aufzuladen und sich so zu gegebener Zeit vom Einfluss des Dolches zu befreien. Der Hut saugt magische Wesen in sein Inneres und lädt sich somit auf. Von Ingrid erhält Gold den Hinweis, dass er den Plan nur umsetzen kann, wenn er das Herz einer Person opfert, die ihn schon vor seiner Zeit als Dunkler kannte, was einzig auf Hook zutrifft. Er nimmt das Herz von Hook an sich. Hook, der von Gold erpresst wird, muss diesem fortan dabei helfen, zunächst den Lehrling des Zauberers in den Hut zu befördern. Gold versucht das gleiche bei Emma, jedoch gelingt es ihm nicht. Später werden alle Feen wegen Hook in den Hut gesaugt, der damit vollständig aufgeladen ist. Elsa, die Anna immer noch sucht, schafft es, diese mithilfe einer Wunschkette zu sich zu wünschen, womit sie Anna und Kristoff vor dem sicheren Tod durch Ertrinken rettet. Ingrid indessen vollendet ihren Fluch der zerbrochenen Sicht und spricht ihn über Storybrooke aus. Anna findet die Flaschenpost ihrer Mutter, die diese schrieb, als sie wusste, dass ihr Schiff untergehen und sie sterben würde. Mithilfe dieses Briefes können Elsa und Anna Ingrid überzeugen, dass ihre Schwestern sie wirklich liebten. Fassungslos über ihr Verhalten bringt sich Ingrid um, womit der Fluch aufgehoben wird und die Eiswand rund um Storybrooke verschwindet. Anna, Elsa und Kristoff kehren nach Arendelle zurück, wo Anna und Kristoff endlich heiraten. Marian wird wiederbelebt, kann jedoch den Fluch nicht überwinden, weshalb sie Storybrooke verlassen muss. Da sie sich in der modernen Welt aber nicht auskennt, beschließt Robin Hood, mit ihr zu gehen, was aber bedeutet, dass er nicht mehr zurückkehren kann, da die Rückkehr nicht möglich ist, wenn man Storybrooke einmal verlassen hat. Belle kann den Plan Golds aufdecken und verhindert dessen Durchführung rechtzeitig. Sie verbannt ihn mithilfe des Dolches aus Storybrooke, wo er nach New York gelangt und sechs Wochen später auf Ursula trifft, mit deren Hilfe er nach Storybrooke zurückkehren will. Sie machen sich zudem auf die Suche nach Cruella de Vil und Maleficent.

Nachdem Mr. Gold und Ursula Cruella de Vil gefunden haben machen sie sich auf den Weg nach Storybrooke. Mithilfe eines Tricks gelangen alle drei nach und nach über die Stadtgrenze. Dort wollen sie Maleficent wiedererwecken. Aus diesem Grund bringen sie Snow und Charming mit einem Trick dazu, ihnen zu helfen. Nachdem Maleficent wieder lebendig ist, will sie Rache an Snow White und Prinz Charming nehmen, da diese ihr vor langer Zeit das Kind weggenommen hatten. Snow und Charming brauchten Maleficents Ei für einen Zauber, um das potentielle Böse in Emma zu bannen. Nachdem der Lehrling den Zauber durchgeführt hatte, verbannte er das Ei, aus dem allerdings ein menschliches Baby schlüpfte, in die reale Welt, was Snow und Charming sehr zu schaffen macht. Mit dem Ei zusammen gelangten auch Cruella und Ursula in die reale Welt. Während Golds Verbannung finden Belle und Will Scarlet zusammen, was Gold sehr missfällt. Er macht sich fortan auch daran, Belle wieder zurückzuerobern. Als Hook getarnt nimmt er Belle seinen Dolch ab. Um ihren Plan, den Autor des Buches zu finden und ihn dazu zu bringen, ihre Schicksale umzuschreiben, durchführen zu können, nehmen Mr. Gold, Cruella, Ursula und Maleficent den jungen Pinocchio gefangen. Mr. Gold verwandelt ihn anschließend in August zurück und foltert ihn, um Informationen über den Autor und seinen Aufenthaltsort zu erfahren. Dabei erhalten sie Hilfe von Regina, die undercover mit ihnen zusammenarbeitet, um deren Plan zu erfahren. August kann befreit werden. Henry entdeckt in der Villa des Lehrlings die Buchseite mit einer Tür, die auch schon in Augusts Aufzeichnungen zu sehen war. Es stellt sich heraus, dass der Autor in dieser Buchseite gefangen ist. Der Autor Isaac wurde vom Lehrling in das Buch verbannt, da er die ihm gegebene Macht missbrauchte und Geschichten nach seinem Willen manipulierte. Henry findet in der Villa zudem einen Schlüssel, mit dem Isaac aus dem Buch befreit werden kann. Durch einen Trick entkommt er Emma und August und gerät danach in die Fänge von Mr. Gold. Dieser offenbart zudem, dass sein eigentlicher Plan ist, Emma auf die dunkle Seite zu ziehen, denn solange sie die Retterin ist, kann keiner der Bösen ein Happy End bekommen. Ursula, die eigentlich eine Meerjungfrau ist, erhält ihr Happy End jedoch aus eigener Kraft und verlässt danach glücklich die Gruppe. Ihr wurde vor langer Zeit von Hook ihre Singstimme gestohlen, weil Hook so ihren Vater Poseidon dazu bringen wollte, ihm ein Mittel in seinem Kampf gegen Rumpelstilzchen zu geben. Ursula bricht nach dem Vorfall mit ihrem Vater und verwandelt ihren Fischschwanz in Tentakel. Nach langer Zeit, in Storybrooke, findet Hook Poseidon mithilfe von Ariel und Vater und Tochter versöhnen sich, womit Ursula auch ihre Singstimme zurück erhält. Cruella hingegen wurde ihre Kindheit lang von ihrer Mutter in deren Villa gefangen gehalten. Dort trifft sie nach etlichen Jahren Gefangenschaft auf Isaac, den sie dazu bringt, sie zu befreien. Die beiden verbringen einen Abend miteinander, in Folge dessen Isaac Cruella Zauberkräfte zuschreibt. Wenig später trifft Isaac auf Cruellas Mutter, die ihm den wahren Grund für Cruellas Gefangenschaft enthüllt. Cruella brachte ihren Vater und die beiden nachfolgenden Ehemänner ihrer Mutter ohne Reue um. Wenig später sucht Cruella ihre Mutter auf und lässt sie mithilfe ihrer neuen Zauberkraft von deren eigenen Hunden töten. Danach näht sich Cruella aus dem Pelz der Hunde einen Mantel. Isaac, der seinen Fehler erkennt, konfrontiert Cruella damit. Sie will ihn erschießen, was Isaac jedoch verhindern kann, indem er ihr die Fähigkeit nimmt, Menschen zu töten. Aus diesem Grund will Cruella Isaac in Storybrooke töten. Sie entführt Henry und wird später von Emma mithilfe von Magie von einer Klippe gestoßen, was Mr. Gold in die Karten spielt, denn die Tötung Cruellas ist ein weiteres Stück zu Emmas Weg in die Dunkelheit. Diese zerstritt sich zuvor schon mit ihren Eltern, nachdem Snow und Charming ihr gestanden, für Maleficents Leiden verantwortlich zu sein, da sie ihr das Kind wegnahmen. Es stellt sich zudem heraus, dass Maleficents Tochter Lilith ist, jenes Mädchen, dass Emma als ihre einzige Freundin in ihrer Kindheit bezeichnet. Zusammen mit Regina macht sie sich auf den Weg, Lily nach Storybrooke zu bringen, um Maleficent ihr Happy End zu gewähren. Nachdem sich Lily und Emma versöhnt haben, fahren die drei weiter nach New York zu Robin Hood. Regina hatte kurz zuvor erfahren, dass Robins Ehefrau Marian in Wirklichkeit die mit einem Zauber getarnte Zelena ist. Diese konnte sich vor ihrem endgültigen Tod in das Zeitportal retten, wo sie, kurz bevor Emma und Hook wieder in die Gegenwart zurückkehrten, die echte Marian tötete und ihren Platz einnahm. Gold selber erfuhr von Zelenas Weiterleben, als er während seiner Verbannung in New York ins Krankenhaus eingeliefert werden musste, da seine vielen bösen Taten Auswirkungen auf sein Herz haben und er nicht mehr lange leben wird. Zelena bringt ihn dazu, mit ihr zusammenzuarbeiten, damit sie ihr Ziel erreicht. Sie möchte nach wie vor Reginas Glück zerstören, weshalb sie plant, Regina alles zu nehmen, was diese liebt. Als Regina, Emma und Lily in New York bei Robin sind, enttarnt sich Zelena schließlich und verkündet zudem, von Robin schwanger zu sein. Sie wird von Emma und Regina nach Storybrooke gebracht, wo sie von Regina in die ehemalige Zelle von Belle gesperrt wird. Regina plant zunächst, Zelena mit Isaacs Hilfe unschädlich zu machen, entscheidet sich jedoch dagegen. Isaac flieht und verbündet sich mit Mr. Gold, der ihn dazu anleitet, die komplette Geschichte aller Märchenfiguren neu zu schreiben. Weil Isaac sich ebenfalls ein Happy End als erfolgreicher Autor zuschreibt, verliert er seine Macht, da der Autor sie nicht zu eigenen Zwecken einsetzen darf. Henry, der als einziger nicht von den von Isaac verursachten Veränderungen betroffen ist, macht sich auf, um seine Familie zu retten. Er gelangt mit Isaac durch ein Portal in den Zauberwald, wo sich die anderen befinden. Er schafft es, Regina zu überzeugen, ihm zu helfen. Nachdem Henry die Schreibfeder von Isaac berührt, wird er zum neuen Autor und kann dadurch alle von Isaac verursachten Probleme rückgängig machen. Zurück in Storybrooke finden Regina, Emma und die Charmings den sterbenden Mr. Gold. Die Essenz des Dunklen verlässt seinen Körper. Der Zauberlehrling erklärt der Gruppe, dass die Essenz einst von seinem Meister, dem Zauberer Merlin, an eine sterbliche Seele gebunden wurde, damit sie nicht mehr so viel Schaden anrichten kann. Um sie erneut zu binden braucht man nun die Macht von Merlin. Nachdem der Lehrling selbst von der Essenz angegriffen und besessen wird, kann Emma ihn mit ihrer Magie retten. Als nächstes wird Regina angegriffen, doch Emma lenkt die Dunkelheit mithilfe des Dolches des Dunklen ab und opfert sich. Sie wird von der Dunkelheit eingesaugt und verschwindet. Zurück bleibt nur der Dolch, auf dem nun der Name Emma Swan steht.

Nachdem Emma die Dunkelheit in sich aufgenommen hat, findet sie sich im Zauberwald wieder. Dort irrt sie umher, getrieben von einer Halluzination von Rumpelstilzchen, der eine Manifestation ihrer dunklen Seite ist. Dieser will sie dazu überreden, Merida zu töten, deren Suche sich Emma angeschlossen hat. Im letzten Moment kann sie von Hook und den anderen, die ihr nachgereist sind, davon abgehalten werden. Zusammen mit ihren Eltern, Henry, Regina, Robin, Hook, Belle und Zelena macht sich Emma auf den Weg nach Camelot, um Merlin zu finden, von dem gesagt wird, dass er Emma in ihrer Situation helfen kann. Mithilfe eines Zauberstabs beschwören sie einen Sturm, der sie mitsamt Granny’s Diner nach Camelot befördert. Nachdem sie von König Arthur in Empfang genommen wurden und Camelot betreten, erwacht die Gruppe jedoch wieder in Storybrooke und hat keinerlei Erinnerungen mehr an die Zeit in Camelot. Es stellt sich heraus, dass sich Emma komplett der Dunkelheit hingegeben hat und ihnen die Erinnerungen raubte, um ihren eigentlichen Plan zu verschleiern.

In Camelot angekommen stellt die Gruppe fest, dass sich Merlin zwar tatsächlich dort befindet, aber vorerst in einem Baum gefangen ist. König Arthur ist zudem im Besitz von Excalibur, dessen Spitze jedoch fehlt. Es stellt sich heraus, dass Excaliburs fehlende Spitze der Dolch des Dunklen ist. Da Arthur besessen davon ist, Excalibur wiederzuvereinen, weil er der Meinung ist, dass er nur dann der wahre König sein könne, spielt er ein falsches Spiel mit der Gruppe. Emma und Regina schaffen es schlussendlich, Merlin aus dem Baum zu befreien. Mit Merlins Hilfe gelangt es Emma auch, Excalibur wiederzuvereinen. Dabei erfährt Emma wie der Dunkle überhaupt entstand und warum die Dunklen immer an die Macht des Dolches gebunden sind: Merlin war einst ein einfacher Mann, der auf der Flucht in einer Wüste zufällig den heiligen Gral entdeckte. Sein Reisegefährte trank zuerst, war jedoch der Macht nicht würdig und starb. Merlin hingegen wurde nach dem Trinken aus dem Gral mit seiner großen Macht gesegnet. Er reiste durch die Länder und half den Menschen mit seiner Magie. Schließlich traf er auf Nimue, deren ganzes Dorf von einem grausamen Kriegsherr ausgelöscht wurde. Die beiden verlieben sich ineinander. Getrieben von Rachegedanken trinkt Nimue schließlich, von Merlin unbemerkt, ebenfalls aus dem heilgen Gral. Da sie ihre Macht jedoch benutzt, um einen Menschen zu töten, korrumpiert sie die Dunkelheit. Merlin verwandelt den heiligen Gral daraufhin in ein Schwert, Excalibur, und spaltet die Spitze ab, um die Dunkelheit in Nimue an den Dolch zu binden. Nachdem Emma Excalibur wiedervereint hat, nimmt Arthur das Schwert mit einem Trick an sich. Er bindet Merlin mit Zelenas Hilfe an Excalibur und befiehlt ihm, die restliche Gruppe auszulöschen. Während des Kampfes kann sich Merlin zwar gegen den Einfluss wehren und ihn schließlich brechen, jedoch wird Hook durch Excalibur verletzt. Da Excalibur so mächtig ist, ist diese Wunde für Hook tödlich. Um ihn nicht zu verlieren macht Emma Hook ebenfalls zu einem Dunklen und bindet seine Seele an Excalibur. Aus diesem Grund löscht sie auch die Erinnerungen aller Mitreisenden. Während ihrer Reisen in Camelot trifft die Gruppe zudem auf Merida, die den Mörder ihres Vaters sucht und ihre Brüder befreien will, sie sich in Gefangenschaft befinden, da die Anführer der anderen Clans Merida nicht als ihre Königin anerkennen und selber herrschen wollen. Es stellt sich heraus, dass ihr Vater von König Arthur getötet wurde. Merida schafft es anschließend mit Mulan und Belles Hilfe, die Clans wieder unter sich zu vereinen, als die Königin anerkannt zu werden und das Land zu regieren.

In Storybrooke angekommen versuchen alle zunächst, die Gründe für Emmas Handeln herauszufinden. Emma nahm Excalibur aus Camelot mit nach Storybrooke, wo es sich nun wieder in einem Stein befindet. Jedoch kann Excalibur nur von einem wahren Helden aus dem Stein herausgezogen werden. Aus diesem Grund erweckt Emma Mr. Gold aus seinem Koma. Nachdem dieser nun nicht mehr der Dunkle ist und all seine Dunkelheit aus ihm herausgesaugt wurde, ist er nun ein unbeschriebenes Blatt. Indem sie ihn mit Meridas Hilfe dazu bringt, Belle durch eine heldenhafte Tat zu retten, macht sie ihn somit zu dem Menschen, der Excalibur wieder aus dem Stein ziehen kann. Zunächst scheint es so, als würde Emma mithilfe Excaliburs alles Gute in der Welt vernichten wollen. Nachdem jeder seine Erinnerungen, die Emma in Traumfängern speicherte, wiederbekommen hat, stellt sich heraus, dass Emmas wahrer Plan in Wirklichkeit die Vernichtung der Dunkelheit ist. Aus diesem Grund beschleunigt sie Zelenas Schwangerschaft. Diese bringt ein Mädchen zur Welt, welches fortan von Regina und Robin Hood aufgezogen werden soll. Emmas Plan ist es nun, die komplette Dunkelheit in eine einzige Person, nämlich Zelena, zu transferieren und diese dann umzubringen, womit die Dunkelheit endgültig besiegt wäre. Dieser Plan wird jedoch von Hook vereitelt, der Emma nicht vergeben kann, dass sie ihn zu einem Dunklen gemacht hat. Zelena flieht, wird aber wenig später von Regina nach Oz zurückgeschickt. Schließlich kann Emma zu Hook durchdringen und ihn von der Richtigkeit ihres Planes überzeugen, sodass er sich schlussendlich opfert, um den Plan zu vervollständigen. Jedoch ist der Dolch zum Unwissen aller von Mr. Gold verzaubert worden und der Plan scheitert, da er nun wieder der Dunkle ist. Emma, ihre Eltern, Regina und Henry beschließen daraufhin, sich in die Unterwelt zu begeben, um Hooks Seele zu retten und ihn wiederzuholen.